O Museu Municipal de Loulé tem a missão de investigar, inventariar, conservar, documentar, interpretar, valorizar e promover a história do concelho de Loulé, contribuindo para a reconstrução e transmissão da memória e identidade coletivas, promovendo a fruição, estudo e educação cultural e a criação de novos públicos.
Os objetivos do Museu Municipal de Loulé são:
1. Promover trabalhos sistemáticos de arqueologia, atualizar a carta arqueológica do concelho e gerir uma estrutura de investigação, apoio às intervenções no concelho e divulgação de resultados;
2. Estudar e investigar as coleções e conjuntos de objetos que constituem o acervo do museu, promovendo procedimentos corretos de documentação, inventariação, organização, avaliação e conservação;
3. Promover trabalhos de investigação na área do Património Cultural Imaterial no concelho, tendo em vista o reconhecimento, a identificação e a caracterização de novos valores patrimoniais;
4. Executar um programa regular de exposições e outras atividades de interpretação e divulgação do trabalho do Museu, tendo em vista os públicos -alvo e a sua mobilização para participar na salvaguarda dos bens culturais concelhios, bem como a cooperação com escolas e outras instituições culturais e científicas;
5. Promover uma dinâmica de interação entre a sede e os polos descentralizados, de modo a coordenar os trabalhos de investigação, os programas expositivos e educativos e a utilização de recursos comuns, tendo em vista a sustentabilidade do conjunto;
6. Assegurar uma eficaz e eficiente articulação com as políticas públicas de cultura, especificamente no que respeita aos museus.