A Fototeca do Centro de Documentação do Museu foi instalada, em 1990, num dos compartimentos interiores da Alcaidaria do Castelo utilizada como depósito do Arquivo Histórico.
O seu espólio é composto por fotografia, negativos em vidro, negativos em película, vídeos, CD-ROM’s e DVD’S.
Tal como no caso da biblioteca do CDoc, a maioria do fundo documental que compõe a fototeca resulta de doações de particulares.
Composta por milhares de documentos, a fototeca é atualmente objeto de inventário, para que o seu espólio possa ser devidamente contabilizado e preservado.